《大敦煌》采用宋代、清末和民国三个历史阶段的创作形式，以一部金字大藏经的命运为贯穿，反映了千年敦煌的形成、发展、辉煌、衰败、重生的过程。《大敦煌》以敦煌“藏宝、夺宝、护宝”三个颇具神秘传奇色彩的故事搭建了敦煌文化辉煌、劫难、重生的三部曲结构。陈家林导演形象的比喻：上部是倾国倾城的妙龄少女；中部是身世坎坷的柔弱女子；下部是觉悟成熟的坚强女人。《大敦煌》一部传奇色彩的历史正剧，一部优美悲壮的艺术史诗。

公元710年，李亘的三子李隆基发动政变帮助他取得了皇位，事隔两年之后父亲把王位禅让给了儿子。李隆基登上皇位成了唐玄宗，大唐又迎来了盛世的发展。若干年后平静被皇子李瑁的妃子杨玉环打破，李隆基看上了她，在亲信宦官高力士的帮助下，他不顾一切得到了佳人，杨玉环从此成为了杨贵妃。

　　清军主力入关后，大清王朝定都北京。经过明末清初的战火摧残，华夏大地急需太平安宁。但就在顺治十八年，恶疾天花袭击皇宫，皇帝爱妃命丧黄泉，顺治皇帝痛不欲生，决意遁入空门。危急之际，孝庄太后力挽狂澜，下令改朱批，行蓝批，同时立下诏书：清顺治十八年正月初七，顺治皇帝龙御归天。公元1661年，在孝庄太后的扶植下，天花大病初愈、年仅八岁的爱新觉罗·玄烨登上了大清皇帝的龙座，称康熙皇帝。翌年改元康熙。