一名叫尼克·摩顿（汤姆·克鲁斯饰）的海豹突击队成员，在执行任务期间，意外地带着自己的小队闯入一个地下古墓，队员经过重重磨难全部丧生，只剩下尼克·摩顿一个人。木乃伊公主安玛奈特（索菲亚·宝特拉饰），遗恨千年后重返人间，誓要在新世界再建属于她的埃及王朝。后来尼克与珍妮·哈尔西（安娜贝拉·沃丽丝饰）及一班军人坐上运送棺木的飞机。飞机突然被一大群鸟袭击失事，千钧一发之际尼克·摩顿为珍妮戴上降落伞，英雄救美最后牺牲了自己 。

伊森·亨特和队友们接到了追回三个大杀伤性核武器的任务。眼见任务马上就能完成，但为了挽救其中一位队友卢瑟的生命，三个核武器被人趁机带走。中情局负责人斯隆女士调来她手下的得意猛将沃克，让他盯着伊森·亨特完成追回核武器的任务。期间，女特工伊尔莎突然出现，伊森·亨特发现，他要面对的并不只是恐怖分子，还有潜藏在政府部门的内鬼。

2017年，母星遭到毁灭的外星流亡者入侵地球。人类虽然用核武器打败对手，但也付出失去家园的惨痛代价。在接下来将近半个世纪的时光中，人类移民泰坦星（土卫六），不过仍有极少部分人类留在故土，扫荡残存的外星掠夺者。杰克·哈珀（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）与维多利亚（安德丽亚·瑞斯波罗格 Andrea Riseborough 饰）即是留守者中的一员，他们的主要任务为保障遍布各地守护水萃取塔的无人机正常运行。看似永无止境的任务终于接近尾声，而就在此刻，不明飞行器坠落一处无人区。杰克在当地发现数名人类伤员

伊森·亨特（汤姆·克鲁斯 饰）需要承受自己过去行为所造成的后果，导致整个IMF任务小组都陷入危险。

伊森·亨特（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）带领IMF小队继续与AI智体对抗，打响终极之战。