千年后再度回归的彗星造访地球的一个月前，日本深山的某个乡下小镇。女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。三叶身居这小镇之中，又处于过多在意周围人目光的年龄，因此对大都市的憧憬日益强烈。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦。他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高

虎杖悠仁是一位体育万能的高中生，某天他为了从“咒物”危机中解救学姐，而吞下了被诅咒的手指“两面宿傩之指”，成为了咒术之王的“宿傩”寄宿体，被迫加入了专门培养咒术师的学校。在学校里，悠仁成为了“最强咒术师”五条悟的弟子，并与禅院家的继承人伏黑惠、钉崎野蔷薇成为了学校里的一年级新生，而此时突然出现“特级咒物”打乱了所有的学习计划，新的人际关系，满是“咒物”的新世界，最强的咒术师与咒物军团的战斗就此展开。