一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。

故事发生在藤原拓海所属车队ProjectD与东堂塾在盐谷比赛的时候，池谷在关越自动车道的服务区偶然和碓冰峠最强组合“真子&沙雪”再会。因半年前的迟到而耿耿于怀的池谷这次终于下定决心要和真子道歉，可真子却先说有话要和池谷说，于是两人再次约定相见。当日，池谷为了不再重滔复撤而提前2个小时达到约定的地方，这时池谷遇上了一名迷路的老人。出于良心他送老人到了北轻井泽，而倒霉的池谷的车行至旧碓井峠的时候却发生爆胎事故。那么最终池谷能否和真子见面呢？……