哥伦比亚丛林的一座豪宅中，一名毒枭向买家克拉克展示一个硬盘，里面装有毒枭儿子编写的程式，不可复制、无法转移，能侵入全球任何资讯系统，当场造成一架货机坠毁和波哥大停电，克拉克想独占硬盘而杀了毒枭父子，此

影片剧情围绕X战警中最受欢迎成员之一的琴·葛蕾展开，讲述她逐渐转化为黑凤凰的故事。在一次危及生命的太空营救行动中，琴被神秘的宇宙力量击中，成为最强大的变种人。此后琴·葛蕾不仅要设法掌控日益增长、极不稳定的力量，更要与自己内心的恶魔抗争，她的失控让整个X战警大家庭分崩离析，也让整个星球陷入毁灭的威胁之中。