作恶多端的大鲨鱼Troy（多纳尔·罗格 配音）又回来了！这次他扬言要趁涨潮之日横扫整个珊瑚礁！曾经靠着自身力量而打败大鲨鱼的小鱼Pi（德雷克·贝尔 配音），这次将再次肩负起拯救大家的使命。但问题是，这次Troy不再是单人匹马，他身边多了几个跟随的爪牙，而且他本身也变得更加强大。于是在老海龟的建议下，Pi决定把身边几个愿意跟随的好友训练成跟自己一样能运用海洋力量的战斗好手。但是操之过急的强化训练并没有取得理想的效果，反而让大家深感疲惫和无力……

在墨西哥的原始森林里，Sacha（艾丽西亚·希尔维斯通 配音）和Manu（德雷克·贝尔 配音）是一对十分要好的朋友，他们每天在丛林里奔跑嬉戏，活的自由自在，仿佛世间从未有过任何纷扰。生性活泼好动的Manu对一切充满了好奇，这天，他不小心弄坏了一尊雕像，这尊雕像原本是供奉给森林之神的，闯下大祸的Manu就这样遭到了驱逐，被逐出森林的Manu再也不能与Sacha在一起了。这天，没有Manu陪伴的Sacha被狩猎者捉住，为了救出Sacha，也为了保护同伴赖以生存的森林，Manu开始了自己的作战计划！