该剧主要讲述了庄有正及庄有杰两兄弟先后加入ATF反恐调查组和行动组所经历的事件。庄有正与情报分析员钟日嘉恋爱，在受训过程以及长时间的相处，弟弟庄有杰也对钟日嘉渐生爱意。庄有正在工作中结识记者叶婷，开始互相利用套取情报，因此发展了一段暧昧关系，后来庄有正为调查ATF的内鬼而到恐怖组织“惊鸟”做卧底，经历生死考验。

故事以兵贼斗智作为脉络，以一宗毒犯赃款被劫案开出。干探江扬英勇揖拿毒犯，虽立了大功，却未能起出赃款。而另一边，以高哲为代表的贼团却策划成功劫去赃款。江扬对此展开调查，誓要起出贼团的主脑人物，兵贼斗法的序幕从此揭开。江扬调查哲过程中，发现高哲可能就是五年前银行劫案的幕后策划人，而江扬的师傅在此案中殉职。江扬发现劫案其实另有内情，更揭开师傅兵变贼的真相。

本剧通过一个个专业案件的审讯、查证过程，让观众看到这些青年律师所遭遇的各种人性冲突、心理的矛盾冲击，以及案件背后隐藏的东西，从而带出本剧的核心意义：看到的未必是真相。

李连英家境贫寒，父亲又沉迷赌博，最终欠下了一身巨债。为救家人，李连英唯有净身入宫当太监。入宫后，李连英跟随咸丰的亲信太监刘多生办事，并从刘多生身上学到了许多生存之道，也造就了他缜密，谨慎的性格。平日里李连英做事全都小心翼翼，遵守规矩，他不求有功，但求无过，甘心留在景仁宫当个无品随侍太监，直到宫女额尔德特倩蓉的出现，李连英平静的生活被彻底打破了。

姚学琛是一名侦探，父亲早亡，随母嫁入饭店少东，却不为其家人所喜，生活窘迫。姚学琛机智过人，又勤奋好学，不但能够独立照顾自己还成为了一名优秀的警务人员。姚学琛前往美国就读犯罪心理学，并将中国的观人术与犯罪心理学结合，运用在查案中，再加上一群精英部下的配合，常常破获奇案。但也正是因为姚学琛太容易看穿他人的内心，所以在感情上波折重重，同时由于自己出身的原因，更常常为家人尽心尽力。

一连串的离奇命案将法证部高级化验师布国栋、法医部高级法医钟学心、重案组高级督察凌倩儿和李展风等人联系起来。布国栋与钟学心因性情相近合作多年，一种难以言喻的默契渐渐滋长，故当布国栋与妻子周奕霏的婚姻破裂之后，才明白最了解自己的是钟学心；而凌倩儿与李展风于重案组合作无间出生入死，造就了一段真挚的爱情。此外，科学鉴证主任蒋卓君与何正民，在法证部一份严肃的法证部门工作中，成就了浪漫的金童玉女。这群专业的人员，从鉴证、化验、逻辑、心理、医学及科学等不同范畴，跨部门联合破案缉凶，竭力维护法纪。

该剧讲述一位写实表演学派大师因缘际会下遇到一个双面性格的变态连环杀手，大师以方法表演理论助警方破解多起连环杀手案。

仁和医院高级精神科医生高立仁在婚礼前痛失身为重案组探员的未婚妻莫敏儿，随即陷入悲伤中不可自拔，甚至为此辞去工作。却不料就在此时，医院接收了一名声称被幻听所困更涉嫌强奸案的精神分裂患者。对此案不甚关心的高立仁路过案发现场，误打误撞帮助了博安医院法医精神科医生梁启荣，并建立亦师亦友的关系。已经在外挂牌行医的连志森担心老友丧妻后萎靡不振的精神状态，多番劝说他重振旗鼓。高立仁也终于决定去博安医院任职。在随后一次同学聚会中，夜总会发生命案，高立仁意外结识了警方卧底林颂恩。而在工作过程中，也逐渐与顾问医生卓慧翘成为朋

1992年，一场大雨令香港停电，热爱观星的子月与反叛的旭日在海边相遇，暗生情愫。未几，旭日却被父亲送到寄宿学校，数月后更要移民外国。 二人像日与月一样难以相见，加上子月的母亲不断阻拦，但他们最终排除万难，展开了一段彷彿分隔两地的遥距恋爱，同时还要面对亲人、老师和同学等等各方面的挑战冲击⋯⋯