上世纪80年代美国和尼加拉瓜战事冲突时期，美国中情局（CIA）伙同尼加拉瓜的反政府分子，向美国加利福尼亚等地走私可卡因，从中谋取的暴利用来服务战事，打击尼加拉瓜反抗军。当时的记者加利·韦伯（杰瑞米·雷纳 饰）在圣何塞信使报上发表了一系列调查文章，揭露美国中情局这一隐秘行径。圣何塞信使报之后在重重压力下停发，加利·韦伯的记者生涯也随之结束。后来，他的文章结集出版，名为《黑暗联盟》。他本人于2004年中枪死亡，调查结果称是自杀……

俄罗斯黑帮头目伊琳娜（凯特·温丝莱特 饰）唆使一批腐败的警察进行了一起完美的银行抢劫行动，由于几人均身处警界内部，反侦察能力极强，因此想要查出案件的真相几乎是不可能的事情。然而，几人并不知道的是，真正的威胁并非来自警方的调查，而是有人正在虎视眈眈的盯着他们所得到的巨额报酬。此役之后，伊琳娜野心不减，殊不知几名警察在巨大的压力之下早已经矛盾重重，濒临崩溃的边缘。其中马库斯（安东尼·麦凯 饰）不仅要面对内心的挣扎，还要应付那个初出茅庐正义感爆棚的菜鸟搭档克里斯（卡西·阿弗莱克 饰），敏锐的克里斯似乎已经开始察

卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒