康熙年间，康熙与少林方丈密谈之后，少林寺派出七个和尚护送三个官员和一个神秘宝盒至西域，关于宝盒的一切，无人知晓，正因如此，引来朝廷内部以及江湖各派的注意，太子党怕此宝盒会影响太子登基一事，于是派人暗中作梗。前明余党对此宝盒也是加倍关注，为弄清宝盒之谜，派人明抢暗盗。少林寺弟子一路西行，千辛万苦，遭遇种种危机。

中原野战军奉命南下，准备参加渡江作战。这时，隐藏、逃窜在豫西南深山密林中的民团残余势力、土匪得到消息后相互串联，钻出深山抢粮食，烧房子，攻打县政府和区政府，直接威胁到豫西南新生政权的稳固。解放军一七三师独立团接到上级命令，立即回师豫西地区，迎头痛击疯狂作乱的土匪武装，一百多股土匪大部分被消灭，剩余的土匪又重新钻进了深山老林，逃之夭夭。独立团团长杨振武在当地政府的配合下，成立了剿匪指挥部。

李世民被渤辽兵马大元帅铁世文追杀，惊险之余却原来只是南柯一梦，朝上，满朝文武朝上都只有看着愁眉不展的李世民。薛仁贵跟随李靖已经学有所成，满心喜悦的回到龙门县，家里却遭逢惨变，父亲薛英死在天火之下，一时之间薛仁贵求助无门，来到求助叔叔薛雄时，却被指因习武而害死父亲。徐懋功在殿上为李世民解梦，凭着梦里的四句诗，解说救驾的白袍小将名叫薛仁贵，是李世民的“应梦贤臣”，只要到山西绛州的龙门县。

徒弑师、父杀女、为夺连城诀，师兄弟反目成仇；夺人妻、害友命、满个人私欲，大侠们暴露狰狞。悲乎，天良丧尽，大悲无声，问世间，情为何物，财有何用？来也空空，去也空空。狄云和戚芳是一对热恋情人。因为师父戚长发和师伯万震山为争夺《连城诀》的尖锐矛盾被卷入万府。万震山之子万圭为夺戚芳，陷害狄云入狱，成为狄云的主要复仇对象。

该剧沿用了原版的故事和人物设置，仅在技术手段和表现方式上大胆翻新，融入大量时代化元素，重新讲述那段发生在1927年到1949年间武林门派燕子门师徒间、师兄弟妹间恩怨情仇的故事。结合了军阀混战、抗战、内战的历史元素，展现了不同信仰和追求的燕子门三徒弟的人生轨迹和成长历程，江湖侠义、兄弟间的恩怨情仇穿梭于剧情之中。