2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案，实习记者城户真司为了调查此事，前往其中一个受害者的家中调查，并在房间内发现了一个名为卡片套匣的道具。为了阻止镜中怪物袭击人类，真司情急之下使用卡片套匣的力量变身为假面骑士前往了怪物所在的镜中世界，并认识了另一位假面骑士秋山莲和神崎士郎的妹妹神崎优衣。随后真司才得知了卡片套匣的秘密以及围绕着神崎士郎所进行的13位假面骑士之间围绕着自己愿望的战斗——最后活着的假面骑士可以实现自己的愿望。 在与镜中怪物订下契约后，成为假面骑士龙骑的城户真司决心为了消灭怪物

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美