故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜的监视之下。一场意外中，麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、

神奇动物在哪里2故事发生地点将从纽约转移到英国与法国。第一部的四位主角“纽特”埃迪·雷德梅恩、“蒂娜”凯瑟琳·沃特森、“奎妮”艾莉森·苏朵儿与“雅各布”丹·福格勒均会回归。约翰尼·德普扮演的黑巫师格林德沃将再次掀起风浪。