远古时期，有六位超人联手对抗怪兽守护着宇宙的和平。六超人之一的核心超人为了更好地保护民众，一直在追求最强大的力量。六超人为对抗怪兽，结合六人力量，提炼出了一股强大的能量——星之力，那是一股能突破黑暗的生命力量。但是六超人在提炼星之力的同时分离出了暗之力，暗之力拥有破坏性，为了宇宙的安全，核心超人主动将暗之力吸收。不想暗之力放大了核心超人追求力量的欲望，最终核心超人被欲望吞噬，变成了危害宇宙的暗魔。五超人只好用星之力打败了暗魔，并化成五颗能源核将暗魔封印，而星之力也不知去向。

星星球机器人感染木马程序开始伤害人类，由于这种木马程序年代久远，只有过去的时空才能研发出来，于是开心超人回到过去的灵光星，寻找能清除木马程序的和平代码。但没想到的是，开心超人居然回到了和平代码还没有研发成功的时空，此时人类与机器人处于矛盾大爆发的时候…...

宅父失踪后，小宅根据宅父留下的时光机设计图想设计时光机，努力了很多次后，才发现做好的时光机只能穿越到时光机存在的时候。

超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大的危机等着他们：司令寄给大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！为了应付这个危机，超人也继续在超星学院提升自己的技能，更好地守护这个星球。

五超人和伽罗在潮博士的请求下，前去拯救被黑煞统治的平行时空的星星球。然而面对十分强大的黑煞，超人们毫无招架之力。在得知只有开天辟地斧能打败黑煞后，超人们和伽罗以及潮博士一起踏上了寻找开天辟地斧的冒险之旅。

开心超人带领4超人前往灰心星球追查越狱的月舞星影下落，却意外发现月舞星影的目的竟然是灰心星的能源核。超人在追查过程中，意外得知大大怪竟然是一直侵略星星球的背后真凶，但为了保护灰心星球，超人们决定暂时和大大怪合作对抗月舞星影。在这个过程中，他们不仅发现了5颗能源核背后隐藏的重大秘密，也知道了伽罗体内黑暗力量的真正来源。

五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团-五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。

超人联盟缴获了一个预言球，预言球预言星星球谜瑞岛的人鱼公主会变成泡沫消失，并引起星星球海洋危机。五超人接到超人联盟的任务，前往谜瑞岛人鱼部落阻止预言发生。没想到魔法师乐呵呵还是夺走了人鱼公主的歌声，让人鱼公主变成了泡沫，超人们未能阻止预言的发生。最后不放弃的超人们合力打败了乐呵呵，救回了已经变成泡沫的人鱼公主，同时拯救了海洋世界。

邪恶反派想利用棋兽的力量制造大量“复制超人”扰乱整个宇宙。为了阻止这个计划实施，超人们重新聚集，突破了反派设下的重重障碍，一步步解开谜团，最终直面反派和他率领的复制超人们，一场关乎宇宙安危的战斗一触即发……

宅再佳失踪，超人们找到了唯一有其失踪线索的一副斗兽棋，却在与反派的争夺中被打碎。八枚斗兽棋棋子由此幻化成八只棋兽散落在勇敢之城各处。为了救出宅再佳，超人们必须收回散落各处的棋兽、破解其中的秘密。而反派为了争夺棋兽，也不断从中作梗。正邪双方围绕棋兽展开了一场激烈的争夺……