爱丽丝（邦尼·亨特 饰）和乔治（查尔斯·格罗丁 饰）带着三个孩子瑞思（妮高·汤 饰），泰德（克里斯托夫·卡斯蒂尔 饰）与艾米丽住在城郊的大房子里，生活过得平静而又幸福，直到一天，一只可怜又可爱的流浪狗出现在了纽顿家门口。在三个孩子的苦苦恳求下，小狗成为了纽顿家新的一员，取名贝多芬。 　　时间流逝，长大的不仅仅是纽顿家的三个孩子，还有贝多芬，在短短几个月的时间里，原本娇小可爱的贝多芬已然成为了一只庞然大物，在不断制造麻烦的同时，贝多芬也为纽顿一家带来了深深的快乐。贝多芬的存在吸引了兽医瓦尼克（迪恩·琼斯 饰

五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的

尤金是一位经验非常丰富的外科医生，然而工作之余，他亦是一位深受药瘾所苦的瘾君子。一次手术中，尤金因为磕了药而产生了幻觉，导致手术失败，造成了一个无辜的女孩的死亡。深深的自责纠缠着尤金，让他开始自暴自弃。一天，尤金像往常一样来到酒吧买醉，意外地目睹了一场枪击事件，一个男人胸部中弹性命危在旦夕，尤金秉着医生的职业本能对男人进行了抢救，最终成功地保住了他的性命，这一切都被一个名为雷蒙的男人看在眼底。雷蒙找到了尤金，希望雇佣他替自己干活，而尤金所要做的，就是替那些无法去医院看病的不法之徒医治。

一块记载着外星生命轨迹的流星坠落到亚利桑那州的荒漠中后开始了进化。没几周，这些外星生命的形态就从单细胞的有机体进化到类鸟和类灵长的生物。外星生命的进化如此飞速，将会使得他们很快支配整个世界，并且导致人类的灭亡！

父亲的突然去世让汤米一家人陷入了混乱，家庭无人照料一片狼藉，母亲终日哭泣郁郁寡欢，就在这样一种糟糕的情况下，汤米迎来了自己躁动又不安的青春，无处发泄的他只能通过调皮捣蛋来纾解心中的积怨。辍学后的汤米在一家熟食店打工，负责送货。  汤米和朋友帕鲁帕斯成天厮混在一起，帕鲁帕斯是一个外表成熟但心智幼稚的“大龄儿童”，两人之间的感情真挚又深厚。一次意外中，汤米结识了蕾蒂，后者带领他进入了成年人的世界，享受了爱情的甜蜜与苦涩。一场意外的发生摧毁了汤米自由的生活，它不仅终结了汤米的现在，也波及到了他的未来。

自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉

Audrey（哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰）和丈夫Brian（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）结婚11年，共同孕育了一对儿女，日子过的幸福平静。某天，Brian因为介入陌生家庭的纠纷而丧生，Audrey原本温顺的生活突然张开血盆大口，风云突变。为了填补空白，Audrey邀请丈夫死党Jerry Sunborne（本尼西奥·德尔·托罗 Benicio Del Toro 饰）搬进了自己家车库旁边的房间，希望他可以帮助自己和孩子们度过难关，为此，穷困潦倒的瘾君子Jerry，不得不努力和毒