延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。

在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北

瑞秋兴冲冲去机场接罗斯，满怀期待想和他书写新篇章；但罗斯带着朱莉（华裔女孩）回国，却使她美梦破碎。泄露了罗斯喜欢瑞秋的大嘴巴是钱德勒，在罗斯出国前劝他忘了瑞秋的也是钱德勒，钱德勒为此愧疚不已，但又不敢对两人说出真相。因为之前菲比给乔伊和钱德勒做发型，因此莫妮卡眼红要凑热闹。菲比担心莫妮卡太挑剔怕自己搞砸，却又在后者的再三哀求下让步。莫妮卡想剪一个著名女星黛米摩尔的发型，不幸的是，菲比错听成了一位男明星，剪毁了莫妮卡的头发。钱德勒想做西装，乔伊热烈推荐他家长年光顾的裁缝，但钱德勒发现该裁缝量身时会占顾客便宜

莫妮卡因为和理查德分手而萎靡不振，几天都睡不着觉，甚至无法正常生活。珍妮丝正在准备离婚，钱德勒和她复合，但是乔伊却受不了珍妮丝的腔调。珍妮丝为促进他们之间的互相了解，消除乔伊的偏见，特地邀请乔伊共度“有趣的一天”，可是乔伊始终没办法轻易接受珍妮丝。罗斯和瑞秋谈论彼此的幻想，后来瑞秋把罗斯对莉亚公主的幻想告诉了菲比和莫妮卡，但是罗斯知道后表示不理解，跑去找钱德勒诉苦，俩人交流了一下，结果钱德勒的说法反而搅乱了罗斯的思想。菲比帮助莫妮卡排遣痛苦，无论菲比怎么努力，莫妮卡还是走不出阴影。老盖勒来安慰莫妮卡，并告

汤姆的生活一团糟，失业半年还找不到工作，每天赖在家里混吃等死，是大家眼中的失败者。有一天，他突然接到一通陌生女子的电话，他哭著要汤姆为他已死的儿子抬棺，虽然汤姆对这个人一点印象都没有，还是出席的葬礼，才发现原来大家将他误认为另一位同名同姓的同学，包括一位他仰慕已久的美丽女孩茱莉都对他另眼相看，汤姆利用这个新的来的身分为所欲为，一切看来都很顺利，然而他的人生真的从此改变了吗？

在纽约的中央公园里，生活着这样一群无忧无虑的好朋友：狮子亚利克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚。他们的性格开朗活泼，因此每天的生活都过得丰富多彩。直到有一天，一群流浪的企鹅令斑马马蒂产生了一个大胆的念头，那就是逃出动物园，探寻自己的故乡，寻找新世界。于是，没有通知其他朋友，马蒂悄悄上路了。这下可急坏了朋友们，亚历克斯和其他几个朋友也逃出了中央公园，踏上了寻找马蒂的旅途。

一家叫中央珀克的咖啡屋旁的顶楼寓所里，住着莫妮卡、乔依和钱德。罗斯是莫妮卡的哥哥兼钱德的大学同学，刚刚离异。菲比以前曾在这所寓所里住过，所以现在仍是寓所里的常客。一天，莫妮卡中学及大学时的死党瑞秋逃婚投奔莫妮卡并住入他们的寓所，由此，这由三男三女组成的六人组合开始了他们已长达十年友情生涯。

罗斯不知瑞秋对他的感觉，并和老同学茱莉开始恋爱。瑞秋对此很不开心，并尝试破坏这一对恋人。已经开始新恋情的瑞秋在一次就酒醉时通过电话留言机跟罗斯表白。让罗斯在瑞秋和茱莉间无所适从，在钱德勒的建议下罗列两人的优缺点比较决定。但罗斯知道自己真正爱的还是瑞秋，于是很快与茱莉分手。经历重重波折终于和瑞秋重新开始。乔伊由于在肥皂剧扮演雷莫瑞医生大获成功，赚够钱可以住进自己的公寓。菲比找到了同父异母的弟弟小弗兰克。莫妮卡也开始与父亲的老朋友理查德交往。但孩子的问题让一心想要孩子的莫妮卡忍痛与其分手。

在众人的猜测中，瑞秋证实自己确实怀孕了，而孩子的父亲正是罗斯，事情就发生在钱德勒和摩妮卡婚礼前的一个月。瑞秋和乔伊继续住在一起，但这时乔伊忽然对瑞秋产生了不一样感觉。当罗斯觉得自己在丧失了很多父亲的感觉时，乔伊只好建议瑞秋搬到罗斯那里住。后来乔伊表达了自己对瑞秋的感觉，但瑞秋婉拒了。瑞秋生下一个女儿，取名为Emma，尽管这个名字是摩妮卡从小就计划好了的，准备用在自己孩子身上的。