2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案，实习记者城户真司为了调查此事，前往其中一个受害者的家中调查，并在房间内发现了一个名为卡片套匣的道具。为了阻止镜中怪物袭击人类，真司情急之下使用卡片套匣的力量变身为假面骑士前往了怪物所在的镜中世界，并认识了另一位假面骑士秋山莲和神崎士郎的妹妹神崎优衣。随后真司才得知了卡片套匣的秘密以及围绕着神崎士郎所进行的13位假面骑士之间围绕着自己愿望的战斗——最后活着的假面骑士可以实现自己的愿望。 在与镜中怪物订下契约后，成为假面骑士龙骑的城户真司决心为了消灭怪物

立高中一年级生的绫崎飒，因其父母性格懒散，使得他不得不每天都打工养家。圣诞夜，回到家中的绫崎飒发现父母留给他一张白条，原来，父母欠下了一亿五千万日元债务后逃之夭夭，为了还债，甚至还企图贩卖绫崎飒给他人做劳工。被黑道追杀走投无路的绫崎飒，妄图绑架附近公园的少女换取赎金，在搭救了被搭讪的少女后，对少女说“能跟我来一下么（日语中‘跟我来’和‘和我交往’发音相同）”，阴差阳错再加层层误会之下，绫崎飒反倒成了少女的救命恩人。怎知这位少女正是三千院财阀大小姐，为了报答救命之恩（实际上是喜欢上了绫崎飒）她雇用了绫崎飒当

一名戴面具的男子自昏迷中醒来，回忆一片空白，然而眼前所见到的，却是长着耳朵和尾巴的怪异女子。原来女子名叫艾露露（柚木凉香 配音）。艾露露告诉男子，她是“亚人类”，她和她同族的同伴们住在远离城市的深山之中，靠种植和农耕过着朴素的生活。族长将哈克奥罗（小山力也 配音）的名字赐予男子，从此，哈克奥罗便在这宁静的山村里过上了平静的生活。村子里住着一群善良快乐的人们，哈克奥罗运用自己的智慧帮助村民们开垦耕种，极快的提高了粮食的产量，同时在村民中也有了很高的威望。当村民们正为了这个丰收年而举族欢庆的时候，野心勃勃的藩

早在八百年前，人类的欲望催生出21枚核心硬币。凡是得到硬币的人，必将获得巨大的力量。2011年6月，德国图林根州，鸿上基金会的会长鸿上光生率领探险队深入图林根州某森林的腹地，经过不断地勘测和挖掘，终于找到了核心硬币的埋藏点，却无意间解开了尘封数百年的封印，而且也使森林和东京的新宿发生对调。伴随着巨大的变动，无数中世纪士兵从山洞中走出，展开残酷的杀戮。偶然路过附近的火野映司与泉信吾卷入混乱，与武士们展开战斗。在武士的身后，是有着强大能力的炼金师盖拉，她复活后发誓成为新世界的主宰——奥兹（OOO）。混乱中，所

与异魔神作战的假面骑士欧兹遇到了乘坐时间列车电王号来到现代的新电王。异魔神逃往了1971年11月11日，幸太郎和泰迪追了过去，映司和安库也一同上了列车。在过去的时空里，幸太郎变身成新电王打倒了异魔神，然而谁都没有察觉到安库不小心弄丢了一枚细胞硬币。映司一行人回到了2011年4月1日，发现日本已经被邪恶集团修卡给统治了，而且修卡最强的改造人竟然是假面骑士1号和2号。原来历史会发生改变正是由于那枚丢失的硬币。修卡的科学家用核心硬币造出了修卡硬币，修卡硬币吸收了安库丢失的细胞硬币后，诞生出了强大的修卡贪欲者，他

战争所带来的创伤和破坏，在东京仍然历历在目。在那里，一个青年从国外归来。这个后来被称为新十郎的青年，带着一个神秘的少年·因果。没有目标的新十郎，前去和东京检察厅的虎山泉接触。过去和现在交错在一起，在寻求真相的新十郎面前，有超越神的力量的“别天王”在阻拦。这是新十郎和因果的相遇开始，“败战侦探”最初的事件。

本故事以被武力和恐怖支配的本能字学院为舞台，以为父报仇的转校生少女为中心，围绕着在学园中“执牛耳者”的学生及学生会四大天王间的激战故事展开。缠流子和鬼龙院皋月，两人为本作的主人公。在本作中，皋月用极制服的力量支配着学园，而流子为查明父亲死亡的真相而与皋月对抗。在这由力量支配的学园中，由于手持片太刀铗的转校生的到来，引起了动乱，这一场各个能力者均被打倒的故事因此而开始！

在消灭108名恶路程式的三个月后，泊进之介（假面骑士驰骑）与诗岛雾子因接受调查频发异常现象的命令，而来到“不可思议现象研究所”所在的大天空寺院与月村朱里及御成等人进行接触。不过这时天空寺尊（假面骑士灵骑）为夺回被上级眼魔偷取的幽灵眼魂而战斗，但进之介因看不见眼魔而误会对方故意玩闹，后来加上诗岛刚（假面骑士冥骑）与深海诚（假面骑士魂骑），及进之介这时拿到冥骑驱动炎变身参战之下更混成一堆，此时朱里使用“不知火”让眼魔现身才打破这个乱局，四人继而合作将敌人击倒并夺回眼魂。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

在坂下引发的骚动之后过了一年的某个夏日。雄二在为了升进的考核调查中，前往市谷的JB之处。在与她的面谈中，追求自己成长经历的雄二，开始了追寻记忆之旅。由于意外事故而去世的最爱的姐姐。如同追随她一般踏上旅途的双亲。收养了天涯孤独的他的最糟糕的男人。自幼年时到现在，自己所邂逅的，并一同度日的人物们的记忆，雄二淡然地诉说着这些。造就了“风见雄二”这一人格之物究竟是什么呢。这一谜题的答案，如今即将揭开。