这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”，研发了一款AI机器人，并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场，把新时代朝着电子化的方向推进。但妄图灭绝人类的恐怖分子“灭亡迅雷站”黑了机器人的系统使之暴走。在这样的情况下，政府成立了专门针对AI犯罪的人工智能特务机关，来镇压暴走的AI机器人，维持治安。在一系列事件中，以成为搞笑艺人为目标的主角——飞电或人成了中心人物。在被炒鱿鱼的主人公面前出现了一辆无人驾驶的高档车，然后他突然间被告知，自己要继

令人感到十分讽刺的是，假面骑士灭亡迅雷再次成为了人类的敌人。 哉亚日本公司发生了大规模爆炸事件，而罪魁祸首竟然是灭亡迅雷站？面对新闻发布会上记者的质问，刃唯阿表示暂不做任何回应。上级也在不断施压，假面骑士巴尔坎（不破谏）与假面骑士瓦尔基里（刃唯阿）不得不做出抉择。 理解人类和修码吉亚两方立场的不破谏与刃唯阿，都有各自的坚持，是为了守护所有生命而战？还是为了自己的规则而战？ 他们与假面骑士灭亡迅雷之间的战斗究竟结果如何——！？

零一没有结束——灭亡迅雷站，复活！哉亚公司的CEO——里昂亚克兰德，掳走了灭亡迅雷站的迅。灭、亡还有雷想要去救迅，却看到了大量的“士兵型修码吉亚”。里昂的目的是大规模生产没有自我意识的“士兵型修码吉亚”，把他们当成武器，卖往全世界各国。修码吉亚将被当成武器利用，迅对这一事实感到愤慨，并告诉灭他想解救这些修码吉亚。于是灭亡迅雷站的四人，变身成了假面骑士，为救出“士兵型修码吉亚”而战斗。但就在那时，迅突然有些不对劲...被里昂俘虏的迅到底经历了什么？一切都按照里昂的“计划”进行着，对人类而言的“最大威胁”，将

"灭亡迅雷站的成员——亡正式登场了！本作揭晓了诸多谜团，亡的神秘身份，千骑系统的诞生过程，不破谏大脑中的芯片从何而来……为了打造千骑系统，天津垓指使亡去给灭亡迅雷站送密钥，与灭的接触以及天津垓对待属下的恶劣态度，让亡动摇不已。千骑诞生后，功不可破的亡却并没有得到好下场……"